Con el proceso de independencia se fueron diluyendo los incipientes adelantos que logró La Nueva Granada con la Expedición Botánica, apenas la presencia de Francisco Matiz, mantuvo vivo el interés por temas que a pocos importaban.

Y sería con el gobierno de Santander, que se le da un impulso inusitado a las labores del saber, su reforma educativa amplió la base estudiantil al crear colegios en distintas partes del país y fundar la Universidad Central, hechos que en la segunda mitad del siglo XIX contribuyeron para que se crearan nuevas disciplinas y se realizaran proyectos científicos tan importantes como la Comisión Corográfica y más adelante permitieron un clima ideal para la creación de la Academia Nacional de Medicina, la Academia de Ciencias y la Sociedad de Ingenieros.