Las vertiente interior está formada por regiones cerradas que impiden la salida de sus aguas al mar. Las más importantes son las de los ríos Nazas y Aguanaval, que se localizan en los estados de Zacatecas, Durango y Coahuila. Sus aguas son canalizadas para dotar de agua ciudades tan importantes como la zona metropolitana de Torreón, que alberga a más de un millón de personas, así como los extensos cultivos de la Comarca Lagunera. Sin embargo, se trata de ríos con escaso caudal, que no son suficientes para abastecer la demanda de la región.

El más largo de los ríos mexicanos es el Bravo, de la vertiente del Golfo. Éste tiene una longitud de 3034 km, y sirve como límite con Estados Unidos. Otros ríos en esta vertiente son el Usumacinta, que sirve como límite con Guatemala; el río Grijalva, quizá el más caudaloso del país; y el río Pánuco, a cuya cuenca pertenece el Valle de México.

En el Pacífico desembocan los ríos Lerma y Balsas, de vital importancia para las ciudades de las tierras altas de México; los ríos Sonora, Fuerte, Mayo y Yaqui; que sostienen la próspera agricultura del noroeste del país, y el río Colorado, compartido con Estados Unidos. Los ríos interiores, es decir, aquellos que no desembocan en el mar, suelen ser cortos y con caudal escaso. Destacan el río Casas Grandes en Chihuahua, y el Nazas, en Durango. La mayor parte de los ríos de México tienen poco caudal, y son casi todos ellos innavegables.

México alberga numerosos lagos y lagunas en su territorio, pero de tamaño modesto. El más importante cuerpo interior de agua es el lago de Chapala, en el estado de Jalisco, y que a causa de la sobreexplotación está en riesgo de desaparecer. Otros lagos importantes son el lago de Pátzcuaro, el Zirahuén y el Cuitzeo, todos ellos en Michoacán. Además, la construcción de presas ha propiciado la formación de lagos artificiales, como el de las Mil Islas, en Oaxaca.