Cuenca del Río Uruguay Superficie de 340.000 kilómetros cuadrados, 35% corresponde a territorio brasileño, 18% a territorio argentino y 29% territorio uruguayo. Se localiza en los departamentos de Artigas, Salto, Paysandú, Río Negro, Soriano, Durazno, Tacuarembó, Rivera, Cerro Largo, Florida, Flores y Colonia.
Cuenca de la Laguna Merín Se localiza en el oriente del Uruguay, comprende los departamentos de Treinta y Tres (31%), Lavalleja (22,5), Rocha (22%), Cerro Largo (21%) y Maldonado (3,5%).
Cuenca Santa Lucía Se localiza al sur del Uruguay, con una extensión de 13.432 kilómetros cuadrados, correspondientes a los departamentos de Canelones (17%), Lavalleja (16,5%), Florida (35%), San José (24%), Flores (6%) y Montevideo (1%).
Cuenca del Río de la Plata y del Frente Oceánico Localizada al oeste del departamento de Montevideo abarcando un 42% del área total, al este de Montevideo abarcando un 25% del área total, y el Frente Oceánico o Cuenca Atlántica representando un un 33% del área total. Comprende los departamentos de Montevideo, Canelones, Colonia, Lavalleja, Maldonado, Rocha y San José.