El sitio fue bautizado por Ignacio Bernal como Dainzú, al enterarse de que los pobladores de la zona le conocían con un nombre similar a Dannizhú, refiriéndose en lengua zapoteca a “cerro de órganos”, por la vegetación que hay en él. También se le atribuye el nombre de Quiebelagayo, sinónimo zapoteca de la palabra náhuatl Macuilxóchitl o “cinco
Mitla o Mictlán es una palabra de origen náhuatl que significa lugar de muertos; para el zapoteca de los valles centrales se conoce como Liobaa que significa casa de tumbas. Cuando decae Monte Albán a partir del año 750 después de Cristo, Mitla fue una de las ciudades donde se concentró el poder político y religioso de los zapotecas de los valles centrales hasta le llegada de los españoles.
Una característica particular de esta zona arqueológica de Atzompa es la existencia de tres canchas para el Juego de Pelota más próximas entre sí, una de ellas de 45 metros de longitud, lo que la hace ser las más grande de la zona, incluyendo Monte Albán. Además, este sitio arqueológico funcionó como una pequeña ciudad satélite de la urbe Zapoteca de Monte Albán.
Lambityeco es un asentamiento zapoteco de los periodos Clásico Tardío y Posclásico Temprano del valle de Oaxaca. Es notable por su calidad artística presente en las diferentes urnas, huesos grabados y pintura mural. A diferencia de otros pueblos que basaban su economía en la agricultura Lambityeco fue importante porque sus habitantes se destacaron como productores y exportadores de sal.
Yagul significa en idioma zapoteco Arbol o Palo Viejo de Ya que significa árbol y Gul, Viejo. Pero los habitantes de la población de Tlacolula lo identifican como Yugul que se compone de: Yu, tierra, pueblo y Gul, Viejo es decir, Pueblo Viejo.
Monte Albán fue la ciudad más importante de la cultura zapoteca que floreció durante la época prehispánica. Durante esta época se erigieron una gran cantidad de piedras grabadas conocidas como Danzantes
