El Ene atraviesa comunidades indígenas y zonas rurales con alta vulnerabilidad. Allí, el narcotráfico opera con el respaldo o el silencio forzado de la población local, y Sendero Luminoso ha ejercido control territorial, imponiendo tarifas y reglas a cambio de permitir el paso de droga.

Este río recorre una zona donde se concentra gran parte de la producción de hoja de coca del país. Las rutas fluviales del Apurímac son utilizadas para el transporte de insumos químicos y pasta básica, aprovechando la escasa vigilancia estatal y la presencia de grupos armados.

En el Mantaro, si bien hay mayor presencia militar en comparación con otros sectores, aún se reportan actividades de transporte de droga río abajo. El control estatal es irregular, lo que permite que bandas criminales usen tramos específicos como rutas alternativas cuando hay presión en el Apurímac o Ene.